Mae egwyddor weithredol y cwch panio aur yn seiliedig ar egwyddor gwahanu disgyrchiant. Yn gyntaf, cychwynnir y system gloddio, megis defnyddio bwced neu ddyfais sugno i gloddio'r mwd a'r tywod sy'n cynnwys mwyn aur ar waelod yr afon neu ar yr heig a'i gludo i'r cwch. Mae'r mwd a'r tywod hyn yn mynd i mewn i'r ddyfais sgrinio, a thrwy sgriniau gwahanol agorfeydd, mae'r amhureddau mwy fel cerrig a changhennau wedi'u gwahanu, a dim ond y mwd a'r tywod sy'n cwrdd â gofynion maint y gronynnau sy'n mynd i mewn i'r broses ddilynol. Yna, mae'r offer panio aur yn dod i chwarae, ac mae'r rhai cyffredin yn llithrennau ac yn ysgwyd byrddau. Gan gymryd y llithren fel enghraifft, mae'r mwd a'r tywod sy'n cynnwys gronynnau aur yn llifo trwy'r llithren sy'n cael ei gyrru gan lif y dŵr. Gan fod dwysedd aur yn llawer mwy na dwysedd amhureddau fel mwd a thywod, bydd y gronynnau aur yn setlo'n raddol ar y gwaelod o dan weithred disgyrchiant a llif dŵr o dan weithred bafflau neu rigolau arbennig wedi'u gosod ar waelod y llithren, tra bydd y mwd ysgafnach a'r tywod yn cael eu gollwng gyda'r llif dŵr. Mae'r bwrdd ysgwyd yn defnyddio dirgryniad mecanyddol a llif dŵr i haenu a gwahanu'r gronynnau mwynol ar y gwely yn ôl y gwahaniaethau dwysedd a maint gronynnau, ac o'r diwedd sgriniwch y gronynnau aur i gwblhau'r broses panio aur.
